新软件准确、快速地识别和定位蛋白质
科技日报记者 张佳欣。新软 冷冻电子断层成像(Cryo-ET)详细的确快三维(3D)图像是一种强大的技术,提供细胞环境和封闭的速地识别生物分子。一种由德国马克斯·普朗克分子生理学研究所团队开发的和定软件TomoTwin,可以在拥挤的位蛋细胞中选择蛋白质。这种基于深度学习的白质新开源工具使科学家能够在不手动创建或重新训练网络的情况下,以高精度和高通量定位几种蛋白质。新软在最近的确快《自然方法》杂志上发表了相关论文。 根据其结构排列图中的速地识别大分子粒子,使用户能够识别和定位细胞中的和定不同大分子。 TomoTwin软件克服了许多现有工具的白质障碍:它学会在断层图像中选择形状相似的分子,并将其映射到几何空间。新软在学习过程中,确快将相似的速地识别蛋白质放置在彼此附近的系统会得到奖励,否则会受到惩罚。 该软件为直接在细胞环境中自动识别和定位蛋白质铺平了道路,扩大了Cryo-ET的潜力。Cryo-ET有可能破译细胞中生物分子的工作,并进一步揭示生命的基础和疾病的起源。 在tomotwin软件生成的新图谱中,研究人员可以分离并准确识别不同的蛋白质,并利用这一点来定位它们在细胞中的位置。此外,该软件的一个优点是,通过取消训练步骤,甚至可以在本地计算机上运行。 目前,该软件可以在细胞中定位超过15万道尔顿的球状蛋白或蛋白质复合体。在未来,研究团队的目标是定位膜蛋白、丝蛋白和较小尺寸的蛋白质。
图片来源:德国马克斯·普朗克分子生理学研究所。位蛋
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